法律主观：
分公司和总公司的应作以下处理：
1、若是核算的，可以相互开，但需要按市场公允价格来计算，否则涉嫌关联交易；
2、若不是核算且在同一个区域内，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的，可以汇总来汇算企业所得税；
3、其他处理方式。
法律客观：
《公司法》第十三条 公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。 第十四条 公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。 公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法承担民事责任。